PPP项目交易结构较为复杂，其增值税处理经常会引起税企争议，其中一个核心问题就是：项目在建设期取得的“财政补贴收入”是否需要确认增值税销售额，从而是否需要确认销项税额。

企业认为，根据《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）第七条的规定，纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。由于很多存量PPP项目政府补助都是针对建设期进行补偿（新机制下此类补偿被禁止），与项目运营期销售的产品或服务的价格和数量并无直接关系，因此，此类补贴收入不属于增值税应税收入。

而税务机关则认为，项目公司取得来自政府的项目建设资金性质收入，属于建筑服务的对价，应按“建筑服务”计算缴纳增值税；其建筑服务的销售额，指发生应税行为取得的全部价款和价外费用（含资金利息），因此此类补贴收入应按照建筑服务，依9%的税率计算缴纳增值税。

之所以产生这个争议，根源在于税企双方对项目公司的应税行为环节认识不一致。

在企业看来，PPP项目公司的应税行为只有一道，即运营期自客户取得的运营收入才构成我的销售额，政府给的针对建设期的财政补贴收入，属于政府补助，与销售行为的价格和数量不直接挂钩，故不应当缴纳增值税。这种观点下，项目公司的纳税义务直至运营期取得产品或服务收入才发生，建设期积累大量的进项税额会较长时间的留抵，有的项目公司还办理了巨额退税。

在税务机关看来，项目公司共发生两道应税行为，一是项目公司向政府提供项目资产建造服务，二是项目公司运营期销售产品或者服务，这是两个不同的环节，两个环节均发生了应税行为，前者产生于建设期，政府支付的财政补贴收入是销售额的一部分，后者产生于运营期，客户支付的公共产品与服务对价为销售额。

第一个环节，根据PPP项目合作协议，项目公司的首要职责是向政府建造符合协议约定的项目资产，运营期结束后无偿移交给政府，也正是因为项目公司实施了这个建造行为政府才会给予补贴收入，这种补贴收入不是无偿的政府补助，而是接受建造服务所支付的应税行为对价，它看似“无偿”实则“有偿”。这个环节，项目公司发生的应税行为属于建筑服务，适用税率为9%，其纳税义务发生于项目公司取得销售款项或者索取销售款项凭据的当天。

第二个环节，项目公司实际运营期间销售公共产品与服务自客户取得的收入，要根据具体产品或者服务的类型计算缴纳增值税。假如在运营期政府又给予了财政补贴，这种财政补贴是否缴纳增值税，应以2019年45号公告第七条为准。